Chudschand liegt auf einer Höhe von 340 Metern in einer Ebene am Syrdarja und bildet das westliche Tor des Ferghanatals. Dieses zwischen Tadschikistan, Usbekistan und Kirgisistan aufgeteilte Gebiet ist geographisch und historisch mehr zu einer Einheit verbunden als der tadschikische Teil mit dem Rest des Landes südlich der Turkestankette. Bis 1935 die über einen 3580 Meter hohen Pass der Turkestankette führende Straße zwischen Duschanbe und Chudschand fertiggestellt war, gab es keine direkte Verbindung zwischen dem zentralen und dem nördlichen Landesteil. Vor 2012 war die Passstraße im Winter nicht befahrbar, ein Austausch von Lebensmitteln und anderen Handelswaren musste zuvor in der Zeit unterbleiben. Die nächste Stadt an dieser Strecke nach Südwesten, Istarawschan, ist 78 Kilometer entfernt; 21 Kilometer weiter beginnt hinter Schahriston der Anstieg durch ein enger werdendes Tal.

Wenige Kilometer östlich der Stadt wird der Syrdarja zum Kairakkum-See aufgestaut. Nach Osten führt die A376 über Ghafurow (elf Kilometer) am Südufer des Stausees entlang zur 79 Kilometer entfernten Stadt Konibodom kurz vor der usbekischen Grenze. Chudschand ist etwa 20 Kilometer von der kirgisischen Grenze entfernt, der nächste Grenzübergang nach Kirgisistan befindet sich jedoch 100 Kilometer östlich zwischen Isfara und Batken. Die Straßenverbindung nach Taschkent im Norden passiert die Grenze in Oybek (60 Kilometer nordwestlich von Chudschand beim Dorf Buston). Es gibt von Chudschand eine Straße an der Nordseite des Stausees durch wenig besiedeltes trockenes Gebiet. Nach einigen Kilometern zweigt hiervon eine Nebenstraße nach Norden ab, auf der nach 37 Kilometern die Kleinstadt Istiqlol (ehemals Taboschar) erreicht wird.

Zentraler Pandschschanbe-Platz in Chudschand